قال المفكر القبطي كمال زاخر، إن المجلس الملي العام لا يمثل الأقباط سياسيا؛ موضحًا أن مهمة المجلس منذ نشأته وحتى تفريغه منها، بقرارات حكومية، تقتصر على المشاركة في إدارة موارد الكنيسة.
وأضاف المفكر القبطي، في تدوينة على صفحته على موقع التواصل الاجتماعي "فيس بوك" أن البرلمان هو من يمثل المصريين وضمنهم الأقباط.
يذكر أن المجلس الملي العام للأقباط الأرثوذكس يختص بالنواحى الإدارية غير الدينية في حياة الكنيسة، وتبنى بطرس غالي باشا فكرة المجلس الملي؛ حيث استصدر بالفعل أمرا عاليا من الخديو إسماعيل بتشكيل أول مجلس ملى للأقباط في فبراير 1874 م، وأنيط بالمجلس الجديد أن يحدد اختصاته، وأن يضع لنفسه لائحة داخلية.
وكان يشغل هذا الموقع من قبل فطاحل الأقباط، أمثال بطرس باشا غالي، حبيب بك المصري والد المؤرخة القبطية إيريس حبيب المصري، والدكتور إبراهيم فهمي المنياوي باشا، ونقيب المحامين كامل يوسف صالح، والمستشار إسكندر حنا دميان.
وفي 20 يوليو 1961 صدرت قرارات تأميم نحو 800 شركة مصرية كانت مملوكة لأفراد وانتقلت تبعيتها للدولة المصرية التى تبنت التوجه الاشتراكي، وكان من بين ما تم تأميمه مدارس الأقباط التي ألحقت بوزارة التعليم المصرية، ومازالت تحت إشرافها حتى اليوم، بينما خضعت المستشفيات لإشراف وزارة الصحة، ومن ثم غدا المجلس الملى بلا اختصاصات تقريبًا فيما عدا بعض القضايا غير الكنسية التى كان ينظرها من وقت لآخر.