علق الدكتور محمد عثمان الخشت، رئيس جامعة القاهرة، على اختلافه مع شيخ الأزهر، قائلاً: "شيخ الأزهر حمل كلامي معاني لم أتحدث عنها ولم أقصدها على الإطلاق، ورد على أسئلة لم أسألها، وكلامي معه لم يمثل أي شيء من الشذوذ.
وأضاف "الخشت"، خلال مداخلة تليفونية مع الإعلامي محمد الباز، ببرنامج "90 دقيقة"، المذاع على فضائية "المحور"، أن اختلافهما ظاهرة صحية من أجل أن نبني حجرًا في المياه الراكدة.
وتابع: "هناك دعوة ومشروع قومي من أجل خطاب ديني جديد، مؤكدًا أن العلاقة بينه وبين شيخ الأزهر علاقة تقوم على الاحترام المتبادل".